其主要優點如下：
1）掃描速度快。傅立葉變換紅外光譜儀的掃描速度比色散型儀器快數百倍，而且在任何測量時間內都能獲得輻射源的所有頻率的全部信息,即所謂的“多路傳輸"。對于穩定的樣品，在一次測量中一般采用多次掃描、累加求平均法得干涉圖,這就改善了信噪比。在相同的總測量時間和相同的分辨率條件下，傅里葉變換紅外光譜法的信噪比比色散型的要提高數十倍以上。
2）具有很高的分辨率。分辨率是紅外光譜儀的主要性能指標之一，指光譜儀對兩個靠得很近的譜線的辨別能力。傅里葉變換紅外光譜儀均有多檔分辨率值供用戶據實際需要隨選隨用。
3）波數精度高。波數是紅外定性分析的關鍵參數，因此儀器的波數精度非常重要。因為干涉儀的動鏡可以很精確地驅動，所以干涉圖的變化很準確，同時動鏡的移動距離是He-Ne激光器的干涉紋測量的，從而保證了所測的光程差很準確，因此在計算的光譜中有很高的波數精度和準確度，通常可到 0.01cm-1。
4）靈敏度。色散型紅外分光光度計大部分的光源能量都損失在入口狹縫的刀口上，而傅立葉變換紅外儀沒有狹縫的限制，輻射通量只與干涉儀的平面鏡大小有關，在同樣的分辨率下，其輻射通量比色散型儀器大得多，從而使檢測器接受的信噪比增大，因此具有很高的靈敏度，由于此優點,使傅立葉變換紅外光譜儀特別適合測量弱信號光譜。
5）研究光譜范圍寬。一臺傅立葉變換紅外儀只要用計算機實現測量儀器的元器件(不同的分束器和光源等)的自動轉換，就可以研究整個近紅外、中紅外和遠紅外區的光譜。